Chương trình đào tạo tại Trường Phổ thông FPT Cần Thơ được thiết kế nhằm phát triển cá nhân toàn diện cho học sinh, giúp các em rèn luyện phương pháp học tập, các kỹ năng, cách thức giải quyết vấn đề. Các giờ học chính khoá được đổi mới phương pháp giảng dạy, tạo môi trường học tập vui vẻ, giúp học sinh chủ động hơn trong việc tiếp nhận kiến thức. Trường cũng tạo nhiều chương trình, hoạt động giúp học sinh cân bằng giữa việc học tập, sinh hoạt và có một đời sống tinh thần phong phú.